Browsing by Author "Terzi, Yunus Kasım"

Now showing 1 - 2 of 2

Böbrek ve üriner sistem konjenital anomalisi (cakut) tanısı alan hastalarda stat3 polimorfizmlerinin (c.-1915C>G, c.1671C>T, c.-1-13666T>C, c.273+314A>G/T) sıklıklarının belirlenmesi
(Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Polat, Mert; Terzi, Yunus Kasım
Konjenital böbrek ve üriner kanal anomalisi (CAKUT) embriyonik dönemde meydana gelen konjenital böbrek malformasyonlarının tamamını içerir ve tüm konjenital malformasyonların yaklaşık %20-30'unu oluşturur. CAKUT, böbrek agenezisi, böbrek displazisi, böbrek hipoplazisi, hidronefroz, hidroüreter ve vezikoüreteral reflü dahil olmak üzere idrar yolu morfogenezindeki bozukluklardan kaynaklanan yapısal malformasyonları kapsar. Şimdiye kadar CAKUT fenotipi ile ilişkili olduğu düşünülen 36 farklı gen saptandı. Bununla birlikte, CAKUT veya ekstra böbrek belirtisi olan CAKUT hastalarının sadece %20'sinde söz konusu 36 gende mutasyon tespit edildi. Bu veriler CAKUT'ta yüksek genetik heterojenitenin varlığını göstermektedir. STAT3, STAT protein ailesinin bir üyesidir. STAT protein ailesi kanser gelişimi, inflamasyonun düzenlenmesi, immün yanıt, apoptoz ve erken embriyonik gelişim gibi çok farklı mekanizmalarda görev almaktadır. STAT3'ün böbrek gelişiminde rol oynadığı ve böbrek hastalıkları ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Çalışma kapsamında STAT3 geninde yer alan dört farklı tek nükleotid polimorfizminin (SNP) CAKUT tanısı alan hastalardaki görülme sıklıkları araştırıldı. Bu SNP'lerden rs1053004 genin 3’ kodlanmayan bölgesinde (UTR), rs4796793 ise 5’ UTR da yer alır. rs744166 ekzon 1 ve ekzon 2 arasındaki intronik bölgede, rs3816769 ise ekzon 3 ve ekzon 4 arasındaki intonik bölgede yer alır. rs744166 ve rs4796793 polimorfizmleri PZR-RFLP, ve rs1053004 ve rs3816769 polimorfizmleri ise gerçek zamanlı PZR yöntemi ile çalışıldı. Hasta ve kontrol grubunun seçimi Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi-Ankara Hastanesi Pediatrik Nefroloji Bilim Dalı ile ortak olarak gerçekleştirilmiştir. Bu tezde KA17/341 numaralı projede kullanılan 0-18 yaş arasındaki 145 CAKUT tanılı hasta ve 128 kontrol örneği kullanıldı. İstatistik analizler, çalışmaya dahil edilen polimorfizmlerin, konjenital böbrek ve üriner kanal anomalisi (CAKUT) ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkisi olmadığını gösterdi. Congenital anomalies of the kidney and urinary tract (CAKUT), collectively refers to various structural malformations characterized by renal developmental disorders in the embryonic period and this malformation accounts for approximately 20-30% of all congenital malformations. CAKUT includes various structural malformations resulting from abnormalities in the morphogenesis of the urinary tract, including renal agenesis, renal dysplasia, renal hypoplasia, hydronephrosis, hydroureter, and vesicoureteral reflux. Currently, 36 genes found to be related to CAKUT phenotype. However, only 20% of CAKUT patients have mutations in these 36 genes. These data indicate the presence of high genetic heterogeneity in CAKUT. STAT3 is a member of the STAT protein family. The members of this protein family have roles in different cellular mechanisms such as cancer, inflammation, immune response, apoptosis, and early stage of embryonic development. It has been shown that STAT3 plays a role in kidney development and is associated with renal diseases. In this study, four different single nucleotide polymorphisms (SNP) localized in the STAT3 gene was investigated in patients diagnosed with CAKUT. rs1053004 is located in the 3’ untranslated region (UTR) of the gene and rs4796793 is located in the 5 ’UTR. rs744166 is located in the intronic region between exon 1 and exon 2, and rs3816769 is in the intronic region between exon 3 and exon 4. We used PCR-RFLP method for the analyses of rs744166 ve rs4796793, and melting curve analyses for rs1053004 and rs3816769.The selection of the patient and control groups was made in collaboration with Başkent University Faculty of Medicine Department of Pediatric Nephrology. In this study, we used previously isolated DNA samples (From KA17/341). Total of 145 CAKUT patients between 0-18 years old, and 128 control individuals enrolled in this study. As a result of statistical analysis, no polymorphism was found to be related to congenital anomalies of the kidney and urinary tract (CAKUT).
CRISPR/Cas9 Sistemi ile BCR/ABL gen füzyonunun in vitro kalitatif analizi
(Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020) Kanat, Fehime Deniz; Terzi, Yunus Kasım
Lösemi, kemik iliği tarafından üretilen beyaz kan hücrelerinin kanseridir. Lösemi akut ve kronik olmak üzere iki gruba ayrılır. Kronik miyeloid lösemi (KML) tüm yetişkin lösemilerin %15’ini oluşturur. Yirmikinci kromozom ile 9. kromozom arasındaki karşılıklı parça değiş tokuşu sonucunda yeni oluşan 22. kromozom Philadelphia kromozomu (Ph) olarak adlandırılır. İlk olarak 1960 yılında KML'li bir hastada tanımlanmıştır. BCR-ABL1 füzyon geni KML patogenezinde önemli rol oynayan tirozin kinaz aktivitesine sahip bir proteindir. Bu onkoproteinin ifadelenmesi, hücre sağ kalımını ve çoğalmasını arttıran sinyal yolağının daha alt basamaklarında yer alan sinyal proteinlerini aktive ederek hematopoetik progenitör hücreleri dönüştürür. Bu çalışmanın amacı BCR-ABL1 füzyon geni varlığını CRISPR/Cas9 sistemini kullanarak saptamaktır. Bu kapsamda BCR-ABL1 füzyon genine sahip iki KML hastasının komplementer DNA (cDNA)’sı, polimeraz zincir tepkimesi (PZR) yöntemi ile çoğaltıldı. Füzyon bölgesini saptamak amacıyla Sanger dizileme yapıldı ve BCR-ABL1 füzyon bölgesinin dizisi çıkarıldı. Bu çalışmada, hastalardan birinden elde edilen BCR-ABL1 füzyon genini hedefleyen kılavuz RNA dizayn edildi. Cas9 endonükleaz ve kılavuz RNA birlikte kullanılarak laboratuvar ortamında BCR-ABL1 füzyon bölgesinin belirlenip, kesim yapılması sağlandı. Yapılan tez çalışması sonucunda elde edilen verilere göre, füzyon dizisi tanıma hassasiyeti %2 olarak tespit edildi. Bu yöntem CRISPR/Cas9 yönteminin sadece genom düzenleme için değil aynı zamanda translokasyon tipi mutasyonlarının da tespit edilmesi amacıyla kullanılabileceğini göstermektedir. İleride yapılacak çalışmalarda testin hassasiyeti ve aynı anda tanıyabileceği füzyon noktalarının sayısının arttırabileceği öngörülmektedir. Leukemia is a cancer of white blood cells produced by the bone marrow. Leukemia is divided into two main groups: acute and chronic. Chronic myeloid leukemia (CML) accounts for 15% of adult leukemia. The Philadelphia chromosome (Ph), was first described in a patient with CML in 1960, had a reciprocal translocation between the proto-oncogene tyrosine-protein kinase (ABL1) gene on chromosome 9 to the breakpoint cluster region (BCR) gene on chromosome 22. The product of the BCR-ABL1 fusion gene is a protein with tyrosine kinase activity that plays an important role in the pathogenesis of CML. The characteristic expression of this oncoprotein transforms hematopoietic progenitor cells by activating downstream signaling cascades that increase cell survival and proliferation. This study aims to detect patients who have a BCR-ABL1 fusion gene with the CRISPR / Cas9 system. For this reason, two patients’ cDNAs who have the BCR-ABL1 fusion gene is amplified by polymerase chain reaction (PCR). Sanger sequencing was performed to detect the fusion region and its’ sequence. In this study, A guide RNA was designed for targeting the BCR-ABL1 fusion region of a patient’s cDNA. The fusion region detection sensitivity is calculated as 2%. The CRISPR / Cas9 method can be used not only for genome editing but also to detect translocation type gene rearrangement. In future studies, it is predicted that the sensitivity of the test and the number of fusion regions that can be detected at the same time might be increased.