Browsing by Author "Kurtuldu, Hüseyin"

Now showing 1 - 3 of 3

Bilgisayar destekli sperm analiz sistemi
(Başkent Üniversitesi Fen Bilimler Enstitüsü, 2022) Karaark, Nazlı Irmak; Kurtuldu, Hüseyin
Dünya Sağlık Örgütü’nden (World Health Organization (WHO)) elde edilen verilere göre gebelik planlayan çiftlerin %15’i infertiliteden etkilenmektedir. İnfertilite, çocuk sahibi olmak isteyen çiftlerin bir yıl boyunca korunmasız cinsel ilişkide bulunup gebeliğin olmaması durumudur. İnfertilitenin kadın ya da erkek kaynaklı olup olmadığının doğru analiz edilebilmesinin en basit yolu sperm analizidir (spermiyogram testi). Geleneksel metotlar uygulanarak yapılan standart sperm analizleri, üreme kliniklerinde veya laboratuvarlarda rutin olarak uygulanmaktadır ve bu analiz, çocuk sahibi olmak isteyen çiftlerde infertilitenin teşhis ve tedavisi adına önem taşımaktadır. Bununla birlikte, sperm analizi subjektif değerlendirmelere bağlı olduğundan kantitatif sonuçlar elde edilememektedir. Son yıllarda sperm kalitesini analiz etmek için bilgisayar destekli sistemlerle görüntü işleme ve analizi yöntemleri kullanılmaya başlanmıştır. Bilgisayar Destekli Sperm Analiz (Computer Aided Sperm Analysis (CASA)) sistemlerinde spermatozoid motilitesi, mobilitesi ve morfolojisi analiz edilmektedir. Bu çalışmada da Ankara Şehir Hastanesi Onkoloji Binası Androloji-Üroloji Kliniği’nden elde edilen dijital görüntüler işlenerek sperm analizi gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda mevcut CASA sistemlerinden farklı olarak WHO’da belirtilen sperm kinematik parametrelerinin tamamını inceleyen, kullanıcı kaynaklı hataları minimize ederek daha doğru ve daha güvenilir sonuçlar elde eden bir sistem geliştirilmiştir. Infertility affects 15% of couples planning a pregnancy, according to data from the World Health Organization. Infertility is a condition that occurs when couples do not concieve pregnancy with unprotected sexual intercourse for at least a year. The spermiogram test is the most simple and accurate approach to determine whether infertility is caused by female or male partner. Standart sperm analysis is traditionally performed in reproductive clinics and laboratories. Since quantitative assesments depend on technician evaluations, highly accurate results cannot be obtained, in manually inspected specimens. In recent years, computer-aided systems with image processing units have been employed to analyze sperm quality. In this thesis, a computer-aided sperm analysis system(CASA) is developed to quantitatively assess sperm motility, mobility and morphology. Analysis of spermatozoids has been performed by processing digital micrographs obtained from the Andrology-Urology Clinic of Ankara City Hospital. In addition to the parameters measured in standard CASA systems or defined in the literature, novel parameters have been developed to characterize infertility.
Hiperspektral mikroskopi ile kanserli dokuların spektral özelliklerinin sınıflandırılması
(Başkent Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Oktan, Aynur Didem; Kurtuldu, Hüseyin
Hiperspektral görüntüleme (HSI) sistemi yüzlerce spektral bandı kullanarak görüntü içerisindeki her bir piksele ait spektral bilgiyi elde etmeyi amaçlayan yeni bir teknolojidir. Daha çok uzaktan algılama alanında kullanılan bir yöntemdir. Son yıllarda sağlık alanında hastalıkların tanısında ve cerrahi yönlendirme amaçlı medikal uygulamalarda kullanılmaya başlanmıştır. HSI ile iki uzaysal boyuta (x, y) ve bir spektral boyuta (λ) sahip hiperküp adı verilen üç boyutlu (3D) hiperspektral veri analiz edilir. Bu analizden elde edilen sonuç, doku fizyolojisi, morfolojisi ve kompozisyonu hakkında teşhise yardımcı bilgi edinilmesine olanak sağlar. Konvansiyonel ışık mikroskobunun tersine, hiperspektral mikroskobik yöntemler dokularda meydana gelen emilim ve saçılma özelliklerini tespit edebilir. Bu tür spektral karakterizasyon kanser teşhisinde kullanılabilir. Spektrometrede yaşanan odak bulma probleminin aksine bu sistemde her bir dalga boyu için değişen odak tespit edilir ve uygun odak ayarı yapılarak görüntüler alınır. Bu çalışma kapsamında bir HSI sistemi tasarlandı ve oluşturuldu. Farklı özelliklere sahip patolojik dokuların 440-660 nm dalga boyu aralığında görüntüleri alındı ve hiperküp verileri elde edildi. Bu verilerin analizi ile dokuların spektral imzaları oluşturuldu. Kanser türleri ve derecelerinin sınıflandırılması için 2 yöntem incelendi. Birinci yöntemde farklı özellikteki dokuların spektral imzaları kıyaslandı. Sağlıklı ve kanserli kolon dokularının spektral imzalarının 500-560 nm dalga boyu aralığında birbirlerinden farklılık gösterdiği görüldü. Düşük ve yüksek dereceli Hodgkin lenfoma kanserinin de spektral imzaları 500-660 nm’ de farklı yoğunluk değerlerine sahiptir. Bir diğer yöntemde ise, dalga boylarının birbirlerine göre değişimlerinden yola çıkarak dokuların renk haritaları oluşturuldu. Elde edilen sonuçlar doku türlerine ait referans veriler kullanılarak dokular arasında ayrım yapılabileceğini gösterdi. Hyperspectral imaging (HSI), mostly used in the field of remote sensing, is a new technology that aims to obtain the spectral information of each pixel in images using hundreds of spectral bands. In recent years, it has gained popularity in medical field for the diagnosis of diseases and surgical guidance. Three dimensional (3D) hyperspectral data (hypercube) with two spatial dimensions (x, y) and a spectral dimension (λ) is acquired at microscopic level to obtain information to aid diagnosis on tissue physiology, morphology and composition. In contrast to the conventional light microscopy, hyperspectral microscopic methods can detect the absorption and scattering properties of tissues. Such spectral characterization can be used in cancer diagnosis. In the spectrometer there is a problem in finding the focus. Unlike spectrometric methods where finding the focus is problematic, the best focal plane can be easily determined and adjusted using two-dimensional images in the HSI. In this study, a hyperspectral imaging system was designed and developed . Using this system, hypercube of pathological tissues with different characteristics were obtained. Spectral signatures were generated by the analysis of hypercube data. Two methods were studied for classification of cancer types and levels. In the first method, spectral signatures of different tissues were compared with each other. The spectral signatures of healthy and cancerous colon tissues differ between 500-560 nm wavelength range. Low and high-grade Hodgkin lymphoma also has spectral signatures in the range of 500-660 nm with different density values. In the second method, based on the ratio of intensities at different wavelengths, colormaps of tissues were created. The results showed that there was a clear distinction between different tissue types.
Manyetik alanın serebral şantlar üzerine etkisinin incelenmesi
(Başkent Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018) Özgüde, Büşra; Kurtuldu, Hüseyin
Beyin omurilik sıvısının (BOS) üretimi ve emilimi arasındaki dengesizlik nedeni ile ventriküllerde BOS birikmesi sonucu hidrosefali ortaya çıkmaktadır. Hastaların çoğunluğunda BOS dolaşımını eski haline getirmek mümkün olmadığı için sıvının beyinden başka bir vücut boşluğuna aktarımı şant adı verilen sistemlerle sağlanmaktadır. Nöroşirurji uygulamalarında pek çok şant valfi kullanılmaktadır. Bunlardan en çok tercih edilenleri konvansiyonel sabit basınçlı şantlar ve programlanabilen şantlardır. Programlanabilen şant valflerinin basınç ayarları; hastanın klinik ve radyolojik bulguları göz önünde tutularak herhangi bir cerrahi veya girişimsel işlem gerektirmeden yapılabilmektedir. Manyetik alan prensibi ile ayarlanan valflerin, çok yüksek manyetik alan bulunan ortamlarda istenmeden ve çoğu zaman da farkına varılmadan basınç ayarlarında değişiklik olabilmektedir. Literatürdeki birçok çalışma, programlanabilir valflerde istenmeyen açılış basıncı değişikliklerinin en sık MR görüntüleme esnasında ortaya çıktığını göstermektedir. Ancak günlük hayatımızda kullanılan cihazların çeşitliliğindeki artışa paralel olarak özellikle son yıllarda yapılan çalışmalarda MR görüntüleme dışında farklı cihazların da bu etkiyi yaptıkları rapor edilmiştir. Bu çalışmada, akıllı cep telefonu, kulaklık gibi iyonize olmayan manyetik alan üreten cihazların programlanabilir serebral şantlar üzerine etkisi incelenmiştir. Hydrocephalus is the result of cerebrospinal fluid (CSF) accumulation in the ventricles due to the imbalance between the production and absorption of CSF. Since it is not possible to restore the circulation of CSF in the majority of patients, transfer to another body cavity from the brain of the fluid is provided by systems called shunts. Many shunt valves are used in neurosurgical applications. The most preferred of these are conventional constant pressure shunts and programmable shunts. The pressure settings of the programmable shunt valves can be made without any surgical or interventional procedures, taking into account the clinical and radiological findings of the patient. Valves with a magnetic field principle can change in pressure settings without undue and often unnoticed in environments with very high magnetic fields. Many studies in the literature show that unwanted opening pressure changes in programmable valves occur most often during MR imaging. However, in parallel with the increase in the diversity of devices used in our daily lives, it has been reported that different devices, besides MR imaging, performed this effect especially in recent years. In this study, the effects of non-ionizing magnetic field producing devices such as smartphones, headphones, etc. on the programmable cerebral shunts were investigated.