Browsing by Author "Şahin, Feride İffet"

Now showing 1 - 8 of 8

Akut myeloid lösemi hastalarında kopya sayısı değişikliklerinin dizin temelli karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yöntemi ile değerlendirilmesi
(Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2015) Özcan, Ayşegül; Şahin, Feride İffet
Dizin temelli karşılaştırmalı genomik hibridizasyon yöntemi dengesiz değişiklikleri tüm genom düzeyinde tespit etme olanağı sağlayan, yüksek çözünürlüklü bir yöntemdir. AML patogenezi ve prognozu ile ilişkili olabilecek kopya sayısı değişikliklerinin saptanması, aCGH yönteminin rutin tanı uygulamalarındaki avantaj ve dezavantajlarının belirlenmesi amacı ile NimbleGen 630K Array platformu kullanılarak 18 AML tanılı hasta örneği çalışılmıştır. Hastalar karyotip sonuçlarına göre 3 grupta değerlendirilmiştir. Analiz edilen 18 hastanın tamamında kopya sayısı değişikliği tespit edilmiştir. Tüm genom düzeyinde saptanan artışlar kayıplardan fazla bulunmuştur. Ancak kompleks karyotip saptanan grupta kayıplar literatürle uyumlu olarak artışlardan fazla tespit edilmiştir. Normal karyotip grubunda AML patogenezi ile ilişkili birçok gende kopya sayısı değişikliği tespit edilmiştir. Tekrarlayan kopya artışı gözlemlediğimiz USP18 (n=4), AATF (n=2), CTF1 (n=2) genlerinin AML patogenezinde anlamlı olabileceği düşünülmüştür. Karyotip anomalisi saptanan grupta aCGH yöntemi mozaikliğin tespitinde başarılı olmuştur ancak hassasiyeti FISH kadar yüksek değildir. Translokasyonu olan 1 hastada, translokasyona dahil olan kromozomlarda kopya değişikliği saptanmamıştır. Bu durum hastadaki translokasyonun dengeli olmasına ya da NimbleGen array platformunda probların bu bölgeleri kapsamamasına bağlanmıştır. Kompleks karyotip saptanan grupta hastaların sitogenetik sonuçları ile aCGH sonuçları tam olarak uyuşmamaktadır. Bu durum kompozit karyotip yapısına sahip hastalardaki alt klonların sayısının düşüklüğüne bağlanmıştır. Sadece kompleks karyotip grubunda kopya kaybı saptanan NF1 (n=2) ve TP53 (n=2) genlerinin hastalardaki genomik instabiliteden sorumlu olduğu düşünülmüştür. Kromozom analizinde metafaz plağı elde edilemeyen bir hastada aCGH yöntemi ile çok sayıda kopya sayısı değişikliği saptanmıştır. Sonuç olarak aCGH yöntemi AML hastalarında patogenez ve prognozda etkili olabilecek genlerin ve mikroRNA’ların tespitinde, kromozom elde edilemeyen ve normal karyotip saptanan hastaların değerlendirilmesinde rutin tanıda başarı ile kullanılabilicek bir yöntemdir. Array based comparative genomic hybridization is a high resolution method which allows to detect unbalanced chromosomal alterations throughout the genome. We have performed an aCGH analysis for 18 patients with AML by using Nimblegen 6x630K array platform to determine advantages and disadvantages of aCGH in routine diagnostic pipeline and detect copy number alterations related to disease pathogenesis and prognosis. Patients were evaluated in 3 groups according to their karyotype results. Copy number alterations were determined in all AML patients. Although copy number gains were observed more frequently than losses, frequency of copy number losses were higher in complex karyotype group among other groups in accordance with the literature. We have observed recurrent copy gains at USP18 (n=4), AATF (n=2), CTF1 (n=2) genes in the normal karyotype group which made us think that these genes might have significant effects in the pathogenesis of AML. aCGH method was able to detect mosaicism in the abnormal karyotype group, but the sensitivity was not as high as FISH. aCGH did not detect any cryptic copy number alteration in a translocation carier patient. This may be due to the balanced rearrengement translocation or the probes may not cover the translocation region in the patient. Cyogenetic and aCGH results were not concordant in patients with complex karyotype. It might be related to the low number of subclones in composite karyotype patients. It was thought that copy losses of the NF1 (n=2) and the TP53 (n=2) genes might be responsible for the genomic instability in complex karyotype group. Several copy number alterations were detected by aCGH analysis in a patient whose karyotpe analysis revealed no metaphase spread. As a conclusion, aCGH can be utilized to detect the genes and microRNAs which affect the pathogenesis and prognosis of AML, and can also be used to evaluate patients with normal karyotype or patients without karyotype analysis.
Erkek infertilitesinde deleted in azoospermia like (dazl), 5-metilentetrahidrofolat redüktaz (mthfr) ve follikül uyarıcı hormon reseptör (fshr) genlerinin polimorfizmlerinin araştırılması
(Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Kavasoğlu, Zeynep; Şahin, Feride İffet
Erkek infertilitesi; heterojendir, birden fazla nedeni vardır ve karmaşık gen çevre etkileşimlerinden kaynaklanması nedeniyle belirlenmesi zordur. İnfertilite vakalarının %50’den fazlası erkek kaynaklıdır. Bu nedenle erkek infertilitesi genetiği üzerinde yapılan çalışmalar özünde zor ve karmaşıktır. Erkek infertilite vakalarının %90'dan fazlasında düşük sperm sayısı, hiç sperm olmaması, kötü sperm kalitesi ya da hepsi birden mevcut olmakla birlikte anatomik problemler, hormonal dengesizlikler ve genetik defektler diğer sebepler arasında yer alabilmektedir. Genetik sebeplerin yanı sıra bir erkeğin genel sağlık durumu, yaşam tarzı seçimi, sosyal durumu, iş ortamı gibi etkenler de fertilitesi üzerinde yaygın olarak etki göstermektedir. Erkek infertilitesinde genetik nedenler arasında yer alan MTHFR, DAZL ve FSHR gen polimorfizmleri farklı araştırmacılar tarafından çalışılmış, bu araştırma çalışmalarında hasta gruplarında genellikle bu polimorfizmlere ya da çeşitli tek nükleotit polimorfizmlerine (SNP'lere) rastlanmış ancak çok azında erkek infertilitesi ile bağlantılı sonuçlar elde edilmiştir. Ülkemizde de erkek infertilitesi üzerine moleküler genetik düzeyde sınırlı sayıda çalışma mevcuttur. Bu nedenle MTHFR geni için 677C/T (rs1801133) ve 1298A/C (rs1801131) , DAZL geni için 260A/G ve 386A/G (rs121918346), FSHR geni için ise -29G/A (rs1394205), 919A/G (rs6165) ve 2039A/G (rs6166) polimorfizmlerinin infertilite ve azoospermi ön tanısına sahip hastalarda PZT-RFLP tekniği ile incelenerek spermatogenez ile ilişkisinin ve allel sıklıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu tezde; 2014-2016 tarihleri arasında infertilite tanısıyla başvuran hastalardan; sitogenetik analizde normal karyotipe sahip, Y-delesyonu taraması sonucu delesyon saptanmayan ve hormon analiz sonuçlarında infertilite ile ilişkili bir bulguya rastlanmayan hastalar seçilmiştir. Hastalar spermiyogram sonuçlarına göre azoospermi ya da oligospermi hastaları olarak gruplandırılmıştır. FSHR, MTHFR ve DAZL gen polimorfizmlerinin erkek infertilitesi ile ilişkisi; 156 azoospermik ve oligospermik bireyde incelenmiştir. Çalışma sonucunda yapılan istatistik analizler doğrultusunda, çalışmaya dahil edilen hiçbir polimorfizmin istatistiksel olarak erkek infertilitesi ile ilişkisi bulunmamıştır. Çalışılan polimorfizmlerin, çalışılan grupta erkek infertilitesine neden olabilecek genetik faktörler arasında bulunmadıkları sonucuna varılmıştır. Male infertility is a genetically heterogeneous health condition and is difficult to identify due to the complexity of interactions between individuals and environmental factors. Genetic studies on male infertility are intrinsically difficult and complex since more than 50% of infertility cases are of male origin. Low sperm count, no sperm, poor sperm quality or all of them in addition to anatomical problems, hormonal imbalances and genetic defects of the affected individuals are among the causes of more than 90% of male infertility cases. In addition to genetic causes, factors such as the general health status of a man, lifestyle selection, social status and work environment also have a widespread effect on fertility. Researchers have detected genetic polymorphisms in MTHFR, DAZL and FSHR genes or several single nucleotide polymorphisms (SNPs) in patient groups, however, very few of them were related to male infertility. Limited number of studies have been published about male infertility at the molecular genetic level, in Turkey. In this study, we investigated the polymorphisms including 677C/T (rs1801133) and 1298A/C (rs1801131) for MTHFR gene, 260A/G and 386A/G (rs121918346) for DAZL gene, -29G/A (rs1394205), 919A/G (rs6165) and 2039A/G (rs6166) for FSHR gene using PCR-RFLP technique in patients diagnosed with infertility and azoospermia. We aimed to determine the relationship between spermatogenesis and allele frequencies. In this thesis, we selected an infertile patient population diagnosed with normal karyotype, no deletion detected as a result of Y-deletion screening and no evidence of hormonal imbalances related to infertility and who has registered in between the years 2014 and 2016. Patients were grouped as azoospermia or oligospermia according to their spermiogram results. We investigated the association of FSHR, MTHFR and DAZL gene polymorphisms with male infertility in 156 azoospermic and oligospermic individuals. In this study, we did not detect any polymorphism that was statistically related to male infertility. We conclude that the FSHR, MTHFR and DAZL gene polymorphisms are not among the genetic factors that may cause male infertility.
İlaç direnci gelişen kronik myeloid lösemi olgularında bcr-abl1 t3151 mutasyonları ve ahı1 gen ifadelenme düzeylerinin belirlenmesi
(Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2009) Bulakbaşı Balcı, Tuğçe; Şahin, Feride İffet
Kronik myeloid lösemi (KML) patogenezinden sorumlu t(9;22)(q34;q11) translokasyonunun ürünü olan BCR-ABL1’in moleküler olarak izlenebilmesi ve inhibitörü imatinibin kullanıma girmesiyle KML’de moleküler patogeneze yönelik tedavi uygulanmaya baslanmıstır. Uzun dönem sonuçlara göre bir grup hastada imatinib tedavisine direnç gelistiği gözlenmis ve yeni tirozin kinaz inhibitörleri gelistirilmistir. Çalısmamızda KML olgularında, imatinib direncinden sorumlu mekanizmalardan en sık görüleni olan kinaz bölgesi T315I mutasyonunun varlığı arastırılmıstır. Aynı örneklerde, KML patogenezinde BCR-ABL1 aracılı lösemik transformasyonda JAK/STAT yolağı üzerinden etkili olduğu ve tirozin kinaz inhibitörlerine yanıtta da yeri olduğu düsünülen AHI1 adlı yeni bir genin ifadelenme analizi yapılmıstır. Çalısılan 38 KML olgusunun tedavilerinin farklı asamalarındaki toplam 83 örneğinden yapılan analizlerde, bir hastada (%2.63) T315I mutasyonu saptanmıstır. Tanı anındaki KML örneklerinde AHI1 ifadelenme düzeyleri ile KML olmayan kontroller arasında anlamlı farklılık saptanmamakla beraber, imatinib tedavisi görmüs olguların düzeylerinin hem kontrol grubundan, hem de yeni tanı grubundan anlamlı derecede yüksek olduğu gözlenmistir. Đmatinib tedavisinin ilk 6 ayında düzeylerin arttığı, zamanla azaldığı gözlenmistir. Đmatinib tedavisine yanıt verenlerle vermeyenler arasında fark saptanmamıstır. Dasatinib kullanan olgularda ise AHI1 düzeylerinde anlamlı bir düsüs gözlenmistir. BCR-ABL1 transkript düzeyleri ile AHI1 düzeyleri arasında anlamlı korelasyon saptanmamıstır. Bu sonuçlardan yola çıkılarak, AHI1 geninin KML tedavisindeki değisiminin, BCRABL1’ den bağımsız mekanizmalarla da olabileceği düsünülmüstür. Daha fazla sayıda hastada AHI1 geninin ifadelenmesinin değerlendirmesi ve AHI1’in etkili olduğu düsünülen yolaklardan JAK/STAT ve Src ailesi kinazları yolaklarının üyelerinin de ifadelenme açısından çalısılması yol gösterici olacaktır. The abnormality responsible for chronic myeloid leukemia (CML) is the t(9;22)(q34;q11) translocation and its product BCR-ABL1. With the availability of molecular monitoring of BCR-ABL1 and the use of its inhibitor, imatinib; CML therapy now targets its molecular pathology. Long term follow up of this therapy revealed a group of patients with acquired imatinib resistance and alternative tyrosine kinase inhibitors have been developed. In our study, the presence of the most common mechanism of imatinib resistance, kinase domain T315I mutation was investigated in CML patients. In the same samples, expression analysis of AHI1 was performed, a novel gene that has been thought to have a role in both BCR-ABL1 mediated leukemic transformation via the “JAK/STAT” pathway and response to tyrosine kinase inhibitors. Analysis of 83 samples from 38 CML cases revealed that one patient (2.63%) harboured the T315I mutation. While no significant difference in AHI1 expression levels was observed between newly diagnosed CML samples and non-CML controls; CML samples under imatinib therapy had levels significantly higher than both newly diagnosed samples and controls. In the first 6 months of imatinib therapy, AHI1 expression levels were found to increase, then decrease gradually in time. There was no significant difference between imatinib responders and non-responders, while cases on dasatinib had significantly lower AHI1 levels. No significant correlation between BCR-ABL1 transcript levels and AHI1 expression levels could be demonstrated in the samples. It is proposed that the change of AHI1 expression during CML therapy is probably under control of mechanisms independent from BCR-ABL1. By analyzing AHI1 expression levels in a greater number of patients and investigating expressions of the JAK/STAT and Src family kinases pathway members involved in AHI1 mediated signalling could be guiding.
İnverted papillom ve scc olgularında gen ifadelenme profili
(Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2018) Türkoğlu Babakurban, Seda; Şahin, Feride İffet
Bu çalışma sinonazal inverted papillom (IP) ile IP’un sinonazal skuamoz hücreli karsinoma (SCC) dönüşümünde, ribonükleik asit (RNA) düzeyinde ifadelenmesi değişen genleri belirlemeyi hedeflediğimiz deneysel bir çalışmadır. Başkent Üniversitesi Tıbbi Biyoloji, Tıbbi Genetik, Kulak Burun Boğaz, Patoloji Anabilim Dalları ve Dr. Abdurrahman Yurtaslan Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi Patoloji ve Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalları katkısı ile yapıldı. Son beş yıl içerisinde IP, sinonazal SCC ve konka hipertrofisi tanısı konulmuş, 18 yaş üzeri 16 hastanın (6 IP, 5 sinonazal SCC, 5 konka hipertrofisi) parafine gömülmüş dokusundan (FFPE) ticari kit ile RNA izolasyonu yapıldı. Uygun ve yeterli miktarda RNA kullanılarak mikroarray yöntemi ile her üç dokunun gen ekspresyon profillerine yönelik tüm genoma ait bir bilgi elde edildi. Bu bilgi analiz programları kullanılarak üç doku arasında karşılaştırıldı. IP ve sinonazal SCC dokuları kıyaslandığında ekspresyonu anlamlı değişim gösteren şu genler tespit edildi: CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3. Sonuç olarak, ifadelenmesi değişen CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3, THBS2 genleri ile ilgili hem gen hem protein ifadelenmesi birlikte çalışılarak, sonuçların teyit edilmesi IP etyoloji ve karsinogenezi ile ilgili ileriki çalışmalara ufuk açacaktır. This is an experimental study aiming to determine the genes whose expression changes at the ribonucleic acid (RNA) level, in the sinonasal squamous cell carcinoma (SCC) transformation of sinonasal inverted papilloma (IP). This study was carried out with Başkent University Medical Biology, Medical Genetics, Otorhinolaryngology, Pathology Departments and Dr. Abdurrahman Yurtaslan Ankara Oncology Training and Research Hospital Pathology and Otorhinolaryngology Departments contribution. RNA was isolated wtih commercially available kit from the paraffin embedded tissues (FFPEs) of 16 patients, over 18 years, diagnosed as IP, sinonasal SCC, and concha hypertrophy (6 IP, 5 sinonasal SCC, 5 concha hypertrophy) in the past five years. Using appropriate and sufficient amounts of RNA, a microarray method was used to obtain information of the gene expression profiles of all three tissues’s entire genome. This information was compared using analysis programs among the three tissues. When comparing IP and sinonasal SCC tissues, the following genes with significant expression changes were identified: CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3. As a result, both gene and protein expression related to the altered expression of CYP3A7, KRT4, FA2H, BNIP3, MMP11, COL1A1, CCND2, IGF2BP3, SH3BGR, SERPINB3 and THBS2 can be studied together to confirm the results of future studies on IP etiology and carcinogenesis.
Jak2 ve mpl mutasyonu negatif esansiyel trombositoz ve primer myelofibroz hastalarında kalretikülin (calr) mutasyon durumunun belirlenmesi
(Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2015) Öte, Enver Okan; Şahin, Feride İffet
Myeloproliferatif hastalıklar (MPH), matur ve immatur kan hücrelerinin aşırı yapımı ile karakterize kronik myeloid kanserlerdir. Esansiyel Trombositemi (ET) ve Primer Myelofibroz (PMF), BCR-ABL negatif kronik myeloproliferatif hastalıklar grubundadır. Bu hastalıkların tanısında JAK2 ve MPL mutasyonları kullanılmaktadır fakat bu mutasyonlar hastaların %30-40’lık kısmında saptanmamaktadır. Çalışmamızda JAK2 ve MPL mutasyonu negatif hastalarda Kalretikulin (CALR) mutasyon sıklığını, mutasyon tiplerini ve klinikle ilişkilerini araştırdık. Çalışmaya 16 ET ve 4 PMF hastası dahil edildi. Tüm hastalar JAK2V617F, MPL W515K/L ve S505N mutasyonları açısından negatif olan hastalardı. CALR mutasyonları Sanger dizileme yöntemi ile araştırıldı. CALR geninde tüm hastaların %25’inde mutasyon saptandı. 4 PMF hastasında mutasyon saptanmazken, 16 ET hastasının 5’inde (%31.25) mutasyon saptandı. Saptanan mutasyonların üç tanesi (%60) 52 baz çifti (bç) delesyon (Tip I mutasyon, c.1092_1143del), bir tanesi 5 bç’lik insersiyon (Tip II mutasyon, c.1154_1155insTTGTC)ve bir tanesi 46 bç’lik delesyon (c.1094_1139del) olarak saptandı. Tip I mutasyon saptanan hastalar genç ve kadın hastalar idi. Çalışmamızda saptanan mutasyon sıklıkları ve tipleri daha önce yapılan çalışmalar ile benzer oranlarda bulundu. Daha fazla sayıda hasta ile yapılacak prospektif çalışmalar CALR mutasyonlarının bu hastalıklardaki etkisini anlamayı ve hastalıkların yönetiminin daha iyi yapılmasını sağlayacaktır. The myeloproliferative neoplasms are chronic myeloid cancers characterized by the overproduction of mature and immature blood cells. Essential trombocythemia (ET) and primary myelofibrosis (PMF) are two of the BCR-ABL negative chronic myeloproliferative neoplasms. JAK2 and MPL mutations are being used for the diagnosis of ET and PMF, but 30-40% of the patients do not carry any mutations at these genes. Recently, another gene called Calreticulin is thought to be involved in the development of ET and PMF. In this study, we investigated the CALR mutation frequency, mutation types and their relevance with clinical findings. 16 ET and 4 PMF patients were enrolled in this study. All patients were negative for JAK2V617F, MPL W515K/L and S505N mutations. We investigated CALR mutation status with sanger sequencing method. The mutation rate was 25% in general. However, we did not find any mutations in patients with PMF. We detected three different mutations (31.25%) in 5 patients with ET. Three of the mutations were 52 base pairs (bp) deletion (Type I mutation, c.1092_1143del), one was 5 bp insertion (Type II mutation, c.1154_1155insTTGTC) and the last one was 46 bp deletion (c.1094_1139del). All patients with Type I mutation were women and the mean age (23.3y) was found to be significantly lower compared to all groups (p=0.003). The results of the study showed us that the mutation rate and mutation types were similar with the previous studies. New prospective studies with larger cohort will help us to understand the effect of CALR mutations in the development and prognosis of myeloproliferative neoplasms.
Kanser olgularında ve ailesel kanser yatkınlığı nedeniyle klinik ekzom dizi analizi yapılan olgularda sitokinler ve ilişkili sinyal yolaklarındaki değişiklikler
(Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2022) Yaman, Derya; Şahin, Feride İffet
Kontrolsüz hücre büyümesi ve çoğalması ile karakterize olan kanser, birçok etyolojik faktöre bağımlı kompleks ve çok aşamalı genetik bir hastalıktır. Kanser ve inflamasyon arasındaki ilişki karmaşık olmasına rağmen, epidemiyolojik çalışmalar, inflamatuar ve enfeksiyöz hastalıkların kanser riski ile ilişkili olduğunu göstermektedir. İmmün sistem, patojenlere karşı vücut savunmasının yanı sıra, kanser oluşumu ve yayılımında da önemli bir düzenleyicidir. Tümör mikroçevresi immün sistem ve kanser hücrelerinin etkileşiminde kritik öneme sahiptir. Tümör mikroçevresinde immün yanıtın önemli modülatörlerinden sitokin ve oksidan moleküllerin dinamik etkileşimi, kronik inflamasyon oluşumuna aracılık ederek tümör prognozunu etkiler. Kanser immünogenetiğini araştıran güncel çalışmalar, tümör mikroçevresindeki bu moleküler değişiklikleri kanser hastalarının tanı ve prognozunda önemli biyobelirteçler olarak kabul etmektedir. Bu nedenle bu çalışmada kanser tanısı almış hasta grubunda ve ailesel kanser öyküsü nedeniyle tarama amaçlı klinik ekzom dizi analizi yapılmış olgularda sitokin ve ilişkili sinyal yolaklarında görevli gen varyantlarının incelenmesi ve sonuçların klinik bulgularla ilişkilendirilmesi amaçlanmıştır. Verilerin istatistiksel analizinde tanımlayıcı testlerden yararlanılmıştır. Çalışmamızda klinik ekzom dizi analizi endikasyonları sırasıyla invaziv duktal meme kanseri (%40, n=12/30), ailesel kanser öyküsü pozitifliği (%26.7, n=8/30), over kanseri (%13.3, n=4/30), endometriyum kanseri (%3.3, n=1/30), over ve endometriyum kanseri (%3.3, n=1/30), meme fibroblastik hiperplazisi (%3.3, n=1/30), meme ve mide kanseri (%3.3, n=1/30), mide kanseri (%3.3, n=1/30) ve gastrointestinal stromal tümörü (%3.3, n=1) tanılarını kapsamaktadır. Klinik ekzom dizi analizine göre tüm kohortta kanser ile ilişkili genlerde varyant tespit edilme oranı %83.3 (n=25/30) iken, sitokin ve ilişkili sinyal yolaklarını içeren genlerde varyant tespit edilme oranı %40 (n=12/30) idi. Klinik ekzom dizi analiz sonuçlarına göre hücre büyümesi ve çoğalması ile DNA onarımında görevli tümör baskılayıcı ve onkogenik fonksiyona sahip genlere ek olarak, mitokondriyal, lizozomal fonksiyonlarda görevli genlerde de (ALK, ATM, BRCA2, CDKN2A, CHEK2, ERBB2, ERCC2, IGF2R, KIT, LZTR1, MET, MN1, MSH5, MUTYH, MYH1, NF1, NOTCH, NQO1, PARK2, PDGFRA PMS1, POLE, PTCH1, RET, RUNX1, TP53, TSC1, TYR) varyasyon tespit edildi. Bu gen değişimlerine eşlik eden sitokin ve ilişkili sinyal yolaklarında görevli gen varyantları da belirlendi. Bu genler tümör mikroçevresi ve immün yanıt dengesinde etkisi literatürde gösterilmiş olan CCR9, CXCR1, ILDR1, IL-2Rɣ, IL-6R, IL-7R, IL-10/10RB, IL-21R, IRAK3, IRAK4, SMAD3/6, STAT3, TGF-β1, TLR2 genlerini kapsamaktadır. Özellikle DNA onarımında görevli tümör baskılayıcı gen ve onkogen değişimlerine eşlik eden sitokin ve ilişkili sinyal yolaklarında görevli gen polimorfizmleri 7 kanser tanısı almış hastamızda tespit edilmiştir. Tümör baskılayıcı gen ve onkogen varyantlarına eşlik eden sitokin gen varyantları immünreaktif tümör mikroçevresi ve genomik kararsızlık arasındaki bağlantıyı desteklemektedir. Çalışmamızın sınırlı örneklem büyüklüğüne rağmen, sonuçlarımız klinik ekzom dizi analizinin kanser immünogenetiğini aydınlatmada önemli bir moleküler genetik test olduğunu ve verilerimizin fonksiyonel çalışmalarla desteklenmesi gerektiğini göstermektedir. Cancer, which is characterized by uncontrolled cell growth and proliferation, is a complex and multistage genetic disease dependent on many etiological factors. Although the relationship between cancer and inflammation is complex, epidemiological studies show that inflammatory and infectious diseases are associated with cancer risk. The immune system is an important regulator in formation and spreading of cancer, as well as the body's defense against pathogens. The tumor microenvironment is critical in the interaction of the immune system and cancer cells. The dynamic interaction of cytokine and oxidant molecules, which are important modulators of the immune response in the tumor microenvironment, affects tumor prognosis by mediating the formation of chronic inflammation. Current studies investigating cancer immunogenetics accept these molecular changes in the tumor microenvironment as important biomarkers in the diagnosis and prognosis of cancer patients. Therefore, in this study, it was aimed to examine the gene variants involved in cytokine and related signaling pathways and to correlate the results with clinical findings in the patient group diagnosed with cancer and in patients who underwent clinical exome sequencing analysis for screening purposes due to familial cancer history. Descriptive tests were used in the statistical analysis of the data. In our study, the indications for clinical exome sequencing analysis were invasive ductal breast cancer (40%, n=12/30), familial cancer history positivity (26.7%, n=8/30), ovarian cancer (13.3%, n=4/30), endometrial cancer (3.3%, n=1/30), ovarian and endometrial cancer (3.3%, n=1/30), breast fibroblastic hyperplasia (3.3%, n=1/30), breast and stomach cancer (3.3%, n=1/30), stomach cancer (3.3%, n=1/30) and gastrointestinal stromal tumor (3.3%, n=1) respectively. According to clinical exome sequencing analysis, the rate of variant detection in cancer-related genes in the entire cohort was 83.3% (n=25/30), while the rate of variant detection in genes containing cytokine and related signaling pathways was 40% (n=12/30). According to the results of clinical exome sequencing analysis, in addition to genes with tumor suppressor and oncogenic functions in cell growth and proliferation and DNA repair, variation was also detected in genes involved in mitochondrial and lysosomal functions (ALK, ATM, BRCA2, CDKN2A, CHEK2, ERBB2, ERCC2, IGF2R, KIT, LZTR1, MET, MN1, MSH5, MUTYH, MYH1, NF1, NOTCH, NQO1, PARK2, PDGFRA, PMS1, POLE, PTCH1, RET, RUNX1, TP53, TSC1, TYR). The gene variants involved in cytokine and related signaling pathways accompanying these gene changes were also determined. These genes include CCR9, CXCR1, ILDR1, IL-2Rɣ, IL-6R, IL-7R, IL-10/10RB, IL-21R, IRAK3, IRAK4, SMAD3/6, STAT3, TGF-β1 and TLR2 whose effects have been shown in the literature on tumor microenvironment and immune response balance. In particular, gene polymorphisms in cytokines and associated signaling pathways accompanying tumor suppressor gene and oncogene changes involved in DNA repair were detected in 7 patients diagnosed with cancer. Cytokine gene variants accompanying tumor suppressor gene and oncogene variants support the link between immunoreactive tumor microenvironment and genomic instability. Despite the limited sample size of our study, our results show that clinical exome sequencing analysis is an important molecular genetic test in elucidating cancer immunogenetics and our data should be supported by functional studies.
Sıvı organik gübrelerde ve amino asitli sıvı organik gübrelerde bitki besin maddesi içeriklerinin belirlenmesi ve gübrelerdeki içerik yararlılığının karşılaştırılması
(Başkent Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2021) Özyardımcı, Cansu; Şahin, Feride İffet
Tarımsal üretimin verimliliğini üst düzeye çıkarmak için yapılan en önemli işlem doğru gübre kullanımıdır. Bilinçsizce ve dengesizce kullanılan kimyasal gübrelerin üretim maliyetlerinde artışa sebep olmasının yanı sıra bu tip gübrelerin kullanımının bitki ve hayvan sağlığı için tehdit oluşturduğu bilinmektedir. Sadece kimyasal gübreleme veya yetersiz bir organik gübrelemeye ilave olarak yapılan kimyasal gübreleme ile istenen verim ve kalitede ürün elde etmek mümkün değildir. Son yıllarda bitkisel üretimde verimliliğin arttırılması amacı ile kimyasal ve çiftlik gübrelerinin yanı sıra organik, organomineral, toprak düzenleyiciler ve mikrobiyal gübrelerin kullanım oranları da artmıştır. Literatür sonuçları değerlendirildiğinde, üreticilerin sıvı organik gübre tüketimlerinin arttığı ve gelecekte de artabileceği öngörülmektedir. Toprağın biyolojik, fiziksel ve kimyasal yapısını iyileştirmek amacıyla organik gübrelerin rolü büyük olduğu halde söz konusu gübrelerin kullanımı istenilen düzeyin altındadır. Türkiye, gübre ithalatında ve gübre ham maddesi temini açısından dışa bağımlı bir ülke konumundadır. Bu tez çalışmasında, ithal edilen değişik tipteki sıvı organik gübrelerin 23 Şubat 2018 tarihli ve 30341 sayılı Tarımda Kullanılan Organik, Mineral ve Mikrobiyal Kaynaklı Gübrelere Dair Yönetmeliği EK-19’da belirlenen metotlara göre karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Gübre kullanımında dışa bağımlılığın azaltılmasında olası yerli ve milli üretim için olası formülasyon ve ürün reçete bilgilerinin oluşturulması amaçlanmıştır. The most important process to maximize the efficiency of agricultural production is the use of correct fertilizers. It is known that chemical fertilizers used unconsciously and in an unbalanced manner cause an increase in production costs, as well as the use of such fertilizers poses a threat to plant and animal health. It is not possible to obtain the desired yield and quality product with chemical fertilization or chemical fertilization in addition to insufficient organic fertilization. In recent years, the usage rates of organic, organomineral, soil regulators and microbial fertilizers have increased in addition to chemical and farm fertilizers in order to increase productivity in plant production. When the results of the literature are evaluated, it is predicted that the liquid organic fertilizer consumption of the producers has increased and may increase in the future. Although organic fertilizers play an important role in improving the biological, physical and chemical structure of the soil, the use of these fertilizers is below the desired level. Turkey imports of fertilizer and manure is dependent on foreign countries for the supply of raw materials. In this thesis study, the characterization of imported liquid organic fertilizers of different types was carried out according to the methods specified in the Regulation on Organic, Mineral and Microbial Originated Fertilizers Used in Agriculture dated 23 February 2018 and numbered 30341. It is aimed to create possible formulation and product prescription information for possible domestic and national production in reducing foreign dependency in fertilizer use.
Zea Mays'dan Endofitik ve Ksilanolitik Bacillus Pumilus Suşlarının İzolasyonu
(Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarım Bilimleri Dergisi ,14 ,4 ,374-380, 2008) Yaşınok, Ayşegül Ersayın; Şahin, Feride İffet; Haberal, Mehmet
Bu çalışmada, yüzey sterilizasyonu yapılmış Zea mays gövde ve yapraklarından, sırası ile M1 ve M2 olarak isimlendirilen iki tane endofitik ksilanolitik bakteri izole edilmiştir. Izolatlar Bacillus pumilus olarak tanımlanmıştır. Mikroorganizmalar agar üzerinde farklı morfoloji sergilemiştir. Izolatlar arasında, ksilanaz üretim seviyesi ve profilinde de farklılıklar bulunmaktadır. İçinde %3 mısır koçanını tek karbon kaynağı olarak bulunduran sıvı besi yerinde, Bacillus pumilus M1 ve Bacillus pumilus M2 sırası ile maksimum ksilanaz aktivitesi olan 188.0 ± 20.0 ve 5.6 ± 1.1 U/ml değerlerine ulaşabilmiştir. İzolatlar, kaba fermentasyon özütünde çok düşük miktarda selülaz üretmiştir. B. pumilus M1 ksilanazı kısmi karakterize edilmiştir. Enzim pH 8.0 ve 65°C'de maksimum aktivite götermiş, kağıt beyazlatma endüstrisine uygun görülmüş ve ileri derecede karakterizasyona ihtiyaç duymuştur. Sonuç olarak, bu çalışma Zea mays'ın iç kısmının, ksilanaz üreticilerinin izolasyonu için yeni ve iyi bir kaynak olduğunu göstermiştir. Detaylı tanımlama ardından bu enzimler, kağıt, tekstil, gıda ve yem endüstrisinde çeşitli uygulamalarda değerlendirilebilmesi mümkündür. In this study, two endophytic xylanolytic bacteria, named M1 and M2, were isolated from surface sterilized Zea mays stem and leaf, respectively. Isolates were identified as Bacillus pumilus. Microorganisims showed different morphology on agar plates. Xylanase production level and profile varied between isolates, as well. Maximum xylanase production level of 188.0 ± 20.0 and 5.6 ± 1.1 U/ml were achieved by Bacillus pumilus M1 and Bacillus pumilus M2 in a liquid medium containing 3% corn cobs as a sole carbon source and inducer, respectively. Isolates produced very low level of cellulase in crude enzyme extract. B. pumilus M1 xylanase was partially characterized. Enzyme had a maximum activity at pH 8.0 and 65°C, seemed proper for pulp and paper industry, and required further characterization. In conclusion, this study indicated that inside part of Zea mays is a novel and good source for isolating xylanase producers. After detailed characterization, such enzymes could be used in various applications in paper and pulp, textile, food and feed industries.