Enstitüler / Institutes

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/11727/1390

Browse

Filters

2010 - 2019131

Settings

Type: search.filters.itemtype.Doctoral ThesisStart date: 2010End date: 2019

Search Results

Now showing 1 - 10 of 131
  • No Thumbnail Available
    Item
    Poli-eter-eter-keton implantların çevre kemikte oluşturduğu streslerin sonlu elemanlar analizi ile incelenmesi
    (Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Ediboğlu, Engin; Akdeniz, Sıdıka Sinem
    Oral endoosseöz implantlar için ideal materyal seçimi; 1960’lı yılların sonuna doğru Branemark tarafından tanımlanan saf titanyumdur. Fakat tamamen metal içermeyen materyaller talep eden hastalar gün geçtikçe sayıca artmaktadır ve titanyumun bazı dezavantajları dolayısıyla dental implant için yeni materyal arayışları devam etmektedir. Çalışmamızın amacı geleneksel titanyum dental implantlara alternatif olarak kullanılabilecek %30 Kft-Peek ile %60 Kft-Peek materyallerinin simüle edilecek oklüzyon kuvvetleri karşısında, implant çevresindeki kortikal ve spongioz kemikte meydana gelecek stresleri, sonlu eleman analizi ile inceleyerek klinik uygulamalara ışık tutmaktır. Bu çalışmada; maksiller anterior, maksilla posterior, mandibula posterior bölgelerinin her biri; %30 Kft-Peek, %60 Kft-Peek ve titanyum materyallerinden tek üyeli implantlar yerleştirilerek modele edildi. Uygulanan dik ve oblik kuvvetlerin sonucunda bu modellerde; implantta ve kemikte oluşan stres değerleri, dağılımı ve yoğunlaşma bölgeleri incelendi. Araştırma üç boyutlu sonlu elemanlar stres analizi yöntemi ile statik lineer analiz yapılarak gerçekleştirildi. Analiz sonucunda, oluşturulan her 5 senaryodaki implant, implant çevresi kortikal kemikte ve spongioz kemikteki Von Misses stres, Maksimum asal stres ve Minimum asal stres değerleri ve stres dağılımları incelenmiştir. Oluşturulan her senaryoda %30 Kft-Peek implantın çevre kemikte oluşturduğu stres değerleri, titanyum ve %60 Kft- Peek implantlarının oluşturduğu stres değerlerinden daha yüksektir. Titanyum ve %60 Kft- Peek implantlar, biyomekanik olarak benzer davranışlar göstermiştir ve bu implantlar; %30 Kft-Peek implantlara göre gelen yükleri kemiğe daha homojen şekilde iletmişlerdir. Ayrıca bu çalışma sınırları dahilinde, oblik kuvvetlerin dik kuvvetlere karşı daha yıkıcı etkiye sahip olması ve daha yoğun kemik yapısının gelen kuvvetlere karşı daha iyi stres dağılımı gösterdiği belirtilmiştir.%60 Kft-Peek(Endolignâ) materyali; dental implant materyali olarak altın standart olan titanyuma benzer biyomekanik davranışlar sergilemiştir. Bu materyalin dental implant materyali olarak rutin kullanılması için; hayvan ve uzun dönem klinik çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir. Bu çalışma Başkent Üniversitesi Tıp ve sağlık Bilimleri Araştırma Kurulu tarafından onaylanmış (Proje no: DA19/04) ve Başkent Üniversitesi Araştırma Fonunca desteklenmiştir. Selection of the ideal material for oral endoosseous implants; towards the end of the 1960s, it was pure titanium as defined by Branemark. However, patients demanding completely non-metal materials are increasing in number and the search for new materials for dental implants continues due to some disadvantages of titanium. The aim of this study is to examine the stresses that will occur in the cortical and spongious bone around the implant in the face of occlusion forces of 30% Cfr-Peek and 60% Cfr-Peek materials that can be used as an alternative to traditional titanium dental implants, and to shed light on clinical applications by finite element analysis.In this study; single-tooth implants of 30% Kft-Peek, 60% Kft-Peek and titanium materials were modeled in each of the maxillary anterior, maxilla posterior, mandibular posterior regions. As a result of the applied vertical and oblique forces in these models; stress values, distribution and concentration areas in the implant and bone were examined. The study was carried out by using three dimensional finite element stress analysis and static linear analysis.Von Misses stress, maximum principal stress and minimum principal stress values and stress distributions in the implant, cortical bone and spongious bone in each of the 5 scenarios were examined. 30% Kft-Peek implants stress in the surrounding bone is higher than titanium and 60% Cfr-Peek implants. Titanium and 60% Cfr-Peek implants exhibited biomechanically similar behavior and these implants conducted stresses to bone more homogeneous than the 30% Cfr-Peek implants. In addition, it is stated that oblique forces have more destructive effect than vertical forces and denser bone structure shows better stress distribution against incoming forces. Within the limits of this study; the 60% Cfr-Peek material exhibited titanium-like biomechanical behavior as the gold standard for dental implant material. For the routine use of this material as a dental implant material; animal and long-term clinical studies are needed. This study was approved by Baskent University Institutional Review Board (Project no: DA19 / 04) and supported by Baskent University Research Fund.
  • No Thumbnail Available
    Item
    β-Hücre golgi cisimciliğinin glukolipotoksisiteye stres yanıtı
    (Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Başçıl Tütüncü, Neslihan; Ataç, F. Belgin
    Tip 2 Diabetes Mellitus (Tip2DM) etyopatogenezinde genetik ve çevresel faktörlerin rol oynadığı önemli bir hastalıktır. Tip2DM ortaya çıkması için pankreas β-hücre sayısında ve/veya fonksiyonunda yetersizlik gelişmesi gerekmektedir. β-hücre kaybına neden olan en önemli faktör glukolipotoksisite ve buna bağlı gelişen endoplazmik retikulum stresidir. β- hücre gibi sekretuvar hücrelerde, endoplazmik retikuluma yansıyan her stresin Golgi cisimciğinde de hissedilmesi beklenmektedir. Endoplazmik retikulumdan gelen sekretuvar proteinlerin ileri modifikasyonu, veziküler transportu ve sekresyonunu sürdürebilmek için Golgi cisimciğinde de adaptif veya maladaptif moleküler değişikliklerin gerçekleşmesi tahmin edilmektedir. Daha önce yapılmış çalışmalarda, Golgi cisimciğinde fonksiyon kaybına neden olan toksik kimyasalların (Brefeldin A, Golgicide A, vb) bu organeli strese sokarak bir takım adaptif stres cevabı başlattıkları ve bu süreçte spesifik birtakım proteinlerin (ARF4, CREB3/TFE ve HSP 47 gibi) ifadelenmesinin ve/veya aktivitesinin arttığı gösterilmiştir. Bu kapsamda bu çalışmada INS-1E rat β-hücre hattı kullanarak hücrelerde palmitat, glukoz ve glukoz +palmitat ile lipotoksisite/glukotoksisite/glukolipotoksisite oluşturarak Golgi stresi yaratıldı. MTT testi ile hücrelerin canlılık oranları bakıldı. Daha sonra metabolik stres altındaki hücrelerde literatürde tanımlanmış stres proteinlerinin transkript düzeyinde ifadelenmesi incelendi. Her koşulda 8.,16., 24. ve 48. saatlerde Golgi cisimciği yapısal genlerinin, glikozilasyon genlerinin, ARF1, HSP47, CREB3 ve ARF4 genlerinin ifadelenme kat artışı değerlendirildi. Sonuç olarak bu çalışmada INS-1E rat β-hücrelerinde lipotoksisite/glukotoksisite/glukolipotoksisite sonrası ilk saatlerde Golgi cisimciği glikozilasyon enzimlerinden st3gal1 ifadelenmesinin ve golcisidlere cevapta önemli rol aldığı bilinen HSP47 (Serpin1)’in ifadelenmesinin arttığı tesbit edilmiştir. Metabolik toksik ortam uygulamasının 48.saatinde yani hücre canlılığının azaldığı geç saatlerde, CREB3 ifadelenmesinin anlamlı olarak arttığı gösterilmiştir. Bu çalışma literatürde β-hücrelerinde glukolipotoksisitenin golgi cisimciğine etkilerini irdeleyen ilk çalışmadır. Çalışmamızın daha ileri çalışmalara ışık tutacağı düşünülmektedir. Type 2 Diabetes Mellitus is an important disease with diverse polygenetic and enviromental factors in etiopathogenesis. Over the past decades, the central role of pancreatic β-cell dysfunction and loss have become increasingly appreciated. Glucolipotoxicity and its contribution to endoplasmic reticulum stress has been postulated to the worsening β-cell function and survival. In cells with high capacity of secretory function, work load on ER is assumed to be reflected to Golgi apparatus. Factors leading to ER stress is expected to converge adaptive and/or maladaptive changes in Golgi structural proteins, enzymes and secretory function. In this regard, there are documented Golgi stress proteins (TFE , HSP 47 CREB3/Luman, and ARF4,) of which genetic expression and/or activity have been increased after derangement of Golgi function with golcisides like Brefeldin A, Golciside A etc. We hypothesized that glucolipotoxicity in diabetes can trigger a Golgi stress response in pancreatic β-cells. In order to test a Golgi stress response in β-cells of a diabetic metabolic millue, we tried to create lipotoxicity/glucotoxcitiy/glucolipotoxicity in INS-1E rat β-cells with palmitic acid, glucose and both together and investigated the expression of the genes documented as Golgi stress proteins before in the literature. In this context palmitic acid, glucose and both together were applied to INS-1E rat β-cells and analysed at 8th, 16th, 24th and 48th hours. MTT assay was used for cell viability analysis. Expression rates of Golgi structural proteins, Golgi glycosylation enzymes, ARF1, HSP47, CREB3 ve ARF4 proteins were measured in all experimental conditions. In our study we determined an increase in expression levels of Golgi glycosylation enzyme stgal1 and HSP47 in the 8th hour of all experimental conditions. In the 48th hour, when the viability of most cells were lost, expression rate of CREB3 was found to be increased. Our study is the first one in English literature which investigated Golgi stress response in β- cells under lipotoxicity/glucotoxicity/glucolipotoxicity. HSP47 and CREB3 were found to be important mediators of Golgi stress response in β-cells under metabolic stress. In this regard, this study will form basis for further studies dealing with Golgi stress in diabetes mellitus.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Çenelerde sık görülen odontojenik kist ve tümörlerin klinik ve radyolojik bulguları ile ki-67 ve p53 protein ekspresyon oranları arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi
    (Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Bulmuş, Burak; Akdeniz, Sıdıka Sinem
    Ağız diş ve çene cerrahisinde ana konulardan biri kistik lezyonların ayırıcı tanısıdır çünkü bazı odontojenik kistler (OK) agresif davranış ve nüks etme eğilimindedir. Ek olarak, en uygun cerrahi tedavi ve takibi belirlemek için kist ve çene tümörlerinin ayırıcı tanısını koymak önemlidir. Patolojinin tanısı klinik ve radyolojik özelliklere dayanmaktadır, ancak kesin tanı histopatolojiye dayanmaktadır. Mevcut retrospektif çalışma 2011-2016 arasında yapıldı ve değerlendirmeler histopatolojik raporlar ve panaromik filmler üzerinden ölçümlemeler ile gerçekleştirildi. Çalışmaya Başkent Üniversitesi Çene Hastalıkları ve Cerrahisi Kliniğinde tedavi edilen hastalardan 111 odontojenik kist ve tümör örneği alındı. Bu örnekler kist tipi, yaşı, cinsiyeti ve immünohistokimyasal boyama dağılımı için analiz edildi ve radyolojik bulgularla karşılaştırıldı. Bu çalışmanın sonuçlarına göre, Ki-67 ve p53 gen ekspresyon değerlerinin odontojenik keratokist grubunda anlamlı derecede yüksek olduğu bulundu. Odontojenik keratosistlerin radiküler kistlere ve dentigeröz kistlere göre daha yüksek malign transformasyon potansiyeli gösterdiği ortaya çıkmıştır. Ki-67 ve p53 gen ekspresyon oranları ile radyolojik ölçümler arasındaki ilişki kist-tümör gruplarına göre karşılaştırıldığında, sadece dentigeröz kist grubunda istatistiksel olarak anlamlı ilişki bulunmuştur. Panoramik filmlerde dentigeröz kistlerin boyutsal karşılaştırmalarından sonra, agresif potansiyelin ilgili kist grubundaki ekspresyon hızı ile radyolojik ölçüm arasındaki anlamlı ilişki nedeniyle artan çapla arttığı söylenebilir. Bu, etkilenen dişlerle ilişkili dentigeröz kistlerinin klinik uygulamada en kısa sürede ortadan kaldırılması gerektiğini göstermektedir. One of the main issues in dental and oral maxillofacial surgery is the differential diagnosis of cystic lesions because few odontogenic cysts (OC) tend to aggressive behavior and relapse. In addition, it is important to make differential diagnosis of cysts and jaw tumors in order to determine the most appropriate surgical treatment and follow-up. The diagnosis of pathology is based on clinical and radiological features, but the definitive diagnosis is based on histopathology. The current retrospective study was conducted between 2011 and 2016 and evaluations were performed on histopathologic reports. 111 biopsy specimens of odontogenic cysts and tumors were retrieved from patients who were treated at the Maxillofacial Surgery Department of Başkent University were included into the study. These specimens were analyzed for the type of cyst, age, sex and immunohistochemical staining distribution and compared with radiologic findings.According to the results of this study, Ki-67 and p53 expression values were found to be significantly higher in the odontogenic keratocyst group than the other groups, and it was revealed that keratocysts showed higher malignant transformation potentials than radicular cysts and dentigerous cysts.When the relationship between Ki-67 and p53 expression rates and radiological measurements were compared according to cyst-tumor groups, there was a statistically significant relationship only in dentigerous cyst group. After the dimensional comparisons of dentigerous cysts in panoramic films, it can be said that the aggressive potential increases with increasing diameter due to the significant relationship between the expression rate in the relevant cyst group and radiological measurement. This suggests that dentigerous cysts associated with impacted teeth should be eliminated as soon as possible in clinical practice.
  • No Thumbnail Available
    Item
    İnsan hepatoselüler karsinom hücre hattında (HEPG2) lipotoksik ve mitotoksik streste mitokondriyon yanıtı
    (Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Yalçın, Yaprak; Ataç, Fatma Belgin
    Beslenmede doymuş yağ asiti alımı arttıkça obezite, tip 2 diyabet (T2DM) ve nonalkolik yağlı karaciğer hastalığının (NAYKH) görülme sıklığı da artmaktadır. Bu hastalıkların patogenezindeki ortak nokta ise artan serbest yağ asidi miktarının karaciğer, iskelet kası, kalp ve pankreas gibi non-adipoz dokularda birikmeye başlamasıdır. Lipotoksisite olarak tanımlanan bu durum, artan lipid birikimi ile organel fonksiyon bozukluğuna, hücre hasarına, metabolik bozukluklara, kronik inflamasyona, hücresel fonksiyon kayıplarına ve non-adipoz doku ölümüne sebep olmaktadır. Lipotoksisiteye bağlı mitokondriyonda stres meydana geldiğinde lipid peroksidasyonu, ROS artışı ve buna bağlı olarak hücre ölümü tetiklenmektedir. Diyette ve serumda en fazla bulunan doymuş serbest yağ asidi Palmitik Asit (PA) olup; 16 karbonlu uzun zincirli bir yağ asididir. Altında yatan mekanizma tam olarak bilinemese de yağ asitlerinin trigliseride (TG) dönüşümü sitotoksisiteye neden olmaktadır. PA‘nın TG‘ye dönüşümü daha az olduğundan daha fazla toksik özellik göstermektedir. Bir diğer stres kaynağı ise karbonil siyanid 3-klorofenilhidrazon (CCCP)‘dir. CCCP hücrelerde mitotoksisiteye sebep olan bir ajan olup mitofaji çalışmalarında yaygın kullanılanılan kimyasaldır. Tüm bu verilerin ışığında çalışmamızda insan HepG2 hücre hattında ayrı ayrı lipotoksik ve protonofor stresi uygulanarak mitokondriyonun verdiği stres yanıtı farklılığının araştırılması hedeflenmiştir. Böylece farklı uyaranlara karşı mitokondriyonun verdiği otofaji mitofaji yanıtlarında görev alan proteinler hakkında daha detaylı bilgi edinilmesi hedeflenmiştir. Ek olarak uygulanan stresin süresi ve çeşitliliğinin de yanıt farklılığındaki etkisi araştırılmıştır. Bunun için mitokondriyonla ilişkili stres ve mitofaji genlerinden CHOP, HSP10, HSP60 ve Parkin ve otofajide adaptör/ reseptör görevi yapan Optineurin, HACE1, TBK1, p62 ve LC3-II genlerinin ifadelenmesine bakılmıştır. Sonuç olarak hücresel stres yanıtının PA uygulanan grupta daha erken başlayıp, azaldığı; CCCP uygulanan grupta ise, daha geç başlayıp daha uzun sürdüğü görülmüştür. PA uygulanan grupta en etkili saatin 12. saat olurken CCCP grubunda 24. saat olduğu görülmüş olup, özellikle mitokondriyal streste görev alan CHOP geninin ve mitofajide görev alan Parkin, OPTN, HACE1, TBK1, P62 ve LC3-II genlerinin ifadelenmelerinin arttığı görülmüştür. Bu çalışma Başkent Üniversitesi Tıp ve Sağlık Araştırma Kurulu (proje no: DA 16/32) tarafından onaylanmış ve Başkent Üniversitesi Araştırma fonu tarafından desteklenmiştir. As dietary saturated fatty acid intake increases, the prevalence of obesity, type 2 diabetes (T2DM) and non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) increases. The common point in the pathogenesis of these diseases is that the increased amount of free fatty acids begins to accumulate in non-adipose tissues such as liver, skeletal muscle, heart and pancreas. This condition, defined as lipotoxicity, causes organelle dysfunction, cell damage, metabolic disorders, chronic inflammation, loss of cellular function and death of non-adipose tissue with increasing lipid accumulation. When stress occurs in the mitochondria due to lipotoxicity, lipid peroxidation, ROS increase, and consequently cell death are triggered. Palmitic Acid (PA) is the most saturated free fatty acid found in diet and serum. It is a long chain fatty acid with 16 carbons. Although the underlying mechanism is not fully known, the conversion of fatty acids to triglycerides (TG) causes cytotoxicity. Since the conversion of PA to TG is less, it shows more toxic properties. Another source of stress is carbonyl cyanide 3-chlorophenylhydrazone (CCCP). CCCP is an agent that causes mitotoxicity in cells and is widely used in mitophagy studies. In the light of all these data, the aim of this study was to investigate the difference in the stress response of mitochondria by applying lipotoxic and protonophore stress separately in human HepG2 cell line. Thus, it is aimed to obtain more detailed information about the proteins involved in the responses of mitochondria to autophagy, mitophagy against different stimuli. In addition, the effect of duration and variety of stress applied on response difference was investigated. For this purpose, expression of CHOP, HSP10, HSP60, Parkin, which are mitochondria-related stress and mithophagy genes, and Optineurin, HACE1, TBK1, p62 and LC3-II genes that act as adapters/ receptors in autophagy were examined. As a result, cellular stress response started and decreased earlier in the PA group; In the CCCP group, it was observed that it started later and lasted longer. In the PA group, the most effective time was 12 hours, whereas in the CCCP group it was 24 hours, especially the expression of CHOP gene in mitochondrial stress and Parkin, OPTN, HACE1, TBK1, P62 and LC3-II genes in mitochondrial stress were increased. This study was approved by Baskent University Medical and Health Sciences Research Council (Project no: DA 16/32) and supported by Baskent University Research Fund.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Gülüş bölgesindeki estetik kriter ve limitasyonların değerlendirilmesi
    (Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Uluçam, Sıdık Hikmet; Orman, Özlem
    Diş hekimi, subjektif estetik algıyı somut bilimsel kriterlerle bir araya getirerek, fonksiyonel ve estetik bir tedavi uygulayabilmelidir. Bu çalışmanın amacı, alt keser görünürlüğü, kesici eğimi ve alt dudak uyumu, bukkal koridor, üst dişeti görünürlüğü ve embraşür derinlik miktarındaki değişikliklerin prostodontistler, diş hekimliği son sınıf öğrencileri ve diş hekimi olmayan bireyler arasında estetik algı bakımından fark yaratıp yaratmadığını değerlendirmektir. Gülüş bölgesinde restorasyonu bulunmayan bir kadın ve bir erkek modelden alınan intraoral fotoğraflar ve frontal gülüş fotoğrafları dijital ortamda biraraya getirilerek standardize edilmiştir. İnternet ortamında, www.freeonlinesurveys.com sayfasında, 13 soruluk bir anket oluşturulmuş ve katılımcılardan görsellerden yalnızca birini, ‘hangi gülüş size göre en estetik?’ sorusuna cevap olarak seçmesi istenmiştir. Ankette; alt keser görünürlüğü, kesici eğimi ve alt dudak uyumu, bukkal koridor, üst dişeti görünürlüğü ve embraşür derinlik miktarındaki farklılıkların estetik algıya etkisi değerlendirilmiştir. Çalışmaya 148 prostodontist, 245 diş hekimliği öğrencisi ve 147 diş hekimi olmayan birey katılmıştır. Gruplar arasında estetik görünüm yönünden verilen yanıtların dağılımı, Olabilirlik Oran testi, Pearson'un Ki-Kare, Fisher'in Kesin Sonuçlu Olasılık testi, Süreklilik Düzeltmeli Ki-Kare testi ve Pearson'un Ki-Kare testleri kullanılarak istatistiksel olarak incelenmiştir.(p<0,05) Grupların kendi içinde estetik açıdan kadın ve erkek görüntülerine doğru yanıt verme oranları yönünden farkların önemlilikleri ise McNemar testiyle değerlendirilmiştir.(p<0,05) Prostodontistler, araştırmaya dahil edilen estetik kriterlere, daha yüksek oranda önceki çalışmalara göre belirlenen doğru cevapları vermiştir. Estetik kriterler, kadın model görüntülerinde, erkek model görüntülerine kıyasla daha yüksek doğruluk oranıyla algılanmaktadır. Yüksek alt keser görünürlüğü cinsiyet farketmeksizin her üç grup tarafından da estetik bulunmamıştır. Bukkal koridor miktarındaki değişikliklerin estetik algıda fark yaratmadığı gözlenmiştir. Tersine kesici kenar eğimi ve alt dudak uyumu bulunan görüntüler estetik bulunmamıştır. Normal üst dişeti görünürlüğüne sahip görüntüler kadın modelde daha estetik algılanırken, erkek görsellerinde gruplararası ortak bir estetik algı sonucuna varılamamıştır. Embraşür derinliğiyle ilgili soruda kadın modelde normal embraşür derinliği daha estetik algılanırken erkek modelde sığ embraşür derinliği tüm gruplar tarafından daha estetik olarak değerlendirilmiştir. Alt keser görünürlüğünü azaltmak için görsellerde uygulanan kozmetik tedavi simulasyonunda elde edilen sonuçlar alt keser görünürlüğünün azaltılmasının hem kadın hem erkek modelde estetik algıyı iyi yönde etkilediğini göstermektedir. Bu çalışma Başkent Üniversitesi Tıp ve Sağlık Bilimleri Araştırma Kurulu tarafından onaylanmış (Proje no: D-KA19/15) ve Başkent Üniversitesi Araştırma Fonunca desteklenmiştir. The dentist should be able to apply a functional and aesthetic treatment by combining subjective aesthetic perception with concrete scientific criteria. The aim of this study was to evaluate whether changes in lower incisors visibility, smile line and lower lip alignment, buccal corridor, upper gingival visibility and depth of embrasures make a difference between prostodontists, senior dentistry students and laypersons in terms of aesthetic perception. Intraoral photographs and frontal smile photographs taken from a male and female model without restoration in the smile area were standardized by combining them digitally. On the internet, www.freeonlinesurveys.com, a 13-question questionnaire was created and participants were asked to select only one of the visuals in response to the question ‘which smile is best for you?’. In the survey; The effects of lower incisors visibility, smile line and lower lip alignment, buccal corridor, upper gingival visibility and depth of embrasures on aesthetic perception were evaluated. 148 prostodontists, 245 dentistry students and 147 laypersons participated in the study. The distribution of the responses given in terms of aesthetic appearance between the groups was analyzed statistically using the Likelihood Ratio test, Pearson's Chi-Square, Fisher's Definitive Probability Test, Continuity Corrected Chi-Square Test and Pearson's Chi-Square Test.(p <0.05) McNemar test was used to evaluate the significance of differences between groups in terms of aesthetic response to female and male images.(p <0.05) Correct answers determined by examining previous studies and prosthodontists were the best performing group. Aesthetic criteria are perceived with higher accuracy in female model images compared to male model images. High visibility of the lower incisors was the least favoured option by all three groups regardless of model gender. It was observed that the changes in the amount of buccal corridor did not make any difference in aesthetic perception. Reverse smile line and lower lip alignment were not aesthetically pleasing for all attendants. While images with normal upper gingival visibility were perceived more aesthetically in the female model, a common aesthetic perception between the male images could not be concluded. In the question about the depth of the embrasure, normal depth was perceived as more aesthetic in the female model, while the shallow embrasure depth in the male model was evaluated more aesthetically by all groups. The results obtained in the simulation of cosmetic treatment applied to the images to reduce the visibility of lower incisors showed that reducing the lower incisor visibility affects the aesthetic perception positively in both female and male models. This study was approved by Baskent University Institutional Review Board (Project no: D-KA19/15) and supported by Baskent University Research Fund.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Ratlarda oluşturulan kritik boyut defektlerinde mecsina hemostopper'ın kemik rejenerasyonu üzerine olan etkisinin histolojik olarak değerlendirilmesi
    (Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Aydın, Pelin; Akdeniz, Sıdıka Sinem
    Çene ve yüz bölgesinde meydana gelen tüm defektlerin rekonstrükte edilmesi, böylece hastalara estetik, fonasyon, fonksiyon gibi özelliklerin tekrar kazandırılması oral ve maksillofasiyal cerrahinin en zorlu işlemlerindendir. Bu çalışmada; sığır kaynaklı ksenojenik kemik greftinin ve Mecsina Hemostopper isimli bitki özleri içeren kanama durdurucu ajanın uygulanması sonrası sert dokuda meydana gelen iyileşmesnin değerlendirilmesi amaçlandı. Bu amaçla; 28 tane Sprague Dawley cinsi erkek ratın kafatası bölgesinde, kritik boyut defektleri oluşturuldu. Denekler; sadece Mecsina Hemostopper uygulanan Mecsina grubu, Mecsina ve Greftin birlikte uygulandığı Mecsina+Greft grubu, sadece Greft uygulanan Greft grubu ve herhangi bir ajanın uygulanmadığı kontrol grubu olarak 4 gruba ayrıldı. Kritik boyut defektlerine 0,1 cc likit Mecsina ve 0,12 cc Greft uygulandı. Cerrahiyi takip eden 28. günde, tüm deneklere sakrifikasyon işlemi yapıldı ve alınan örnekler histopatolojik ve histomorfometrik olarak değerlendirildi. Histopatolojik değerlendirme sonucu, Mecsina’nın kullanıldığı gruplarda daha fazla kemik iliği ve kemik oluşumu ve daha fazla vasküler proliferasyon izlenirken; histomorfometrik değerlendirme sonucu, Mecsina kullanılan gruplardaki trabeküler ve osteoid kalınlık daha fazla görüldüğünden daha kaliteli kemik oluşumunu sağladığı istatiksel olarak saptandı. (p<0,05) Bu çalışma ile Mecsina tek başına uygulandığında da grefte ek olarak uygulandığında da kemik iyileşmesini arttırmada etkili bir ajan olarak bulunmuştur. Bu çalışma Başkent Üniversitesi Tıp ve Sağlık Bilimleri Araştırma Kurulu tarafından onaylanmış (Proje no: DA18/05) ve Başkent Üniversitesi Araştırma fonunca desteklenmiştir. Reconstruction of the defects in the oral and maxillofacial region to reprovide aesthetic, phonation and function to the patients, is one of the most challenging procedures in oral and maxillofacial surgery. The aim of this study is to evaluate the recovery of hard tissue healing after application bovine xenogenic bone graft and Mecsina Hemostopper using as a herbal blood stopper. For this purpose; critical size defects were created on the calvarial bone region of 28 Sprague Dawley male rats. The groups are Mecsina group with only Mecsina Hemostopper, Mecsina + Graft group with Mecsina and Graft, Graft group with only Graft and control group without any agent were used. Critical size defects were filled with 0.1 cc liquid Mecsina and 0.12 cc Graft. On the 28th day following surgery, all animals underwent sacrification and the samples were evaluated histopathologically and histomorphometrically. As a result of histopathological evaluation, more bone marrow and bone formation and more vascular proliferation were observed in the groups where Mecsina was used; histomorphometric evaluation showed that trabecular and osteoid thickness was higher in Mecsina groups and it was found to provide higher quality bone formation statistically. (p <0,05) In this study, Mecsina was found to be an effective agent in increasing bone healing when applied alone or in addition to the graft. This study was aooroved by Baskent University Institutional Review Board (Project no: DA18/05) and supported by Baskent University Research Fund.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Benign paroksismal pozisyonel vertigo hastalarında posterior ve lasteral semisirküler kanallara ait tanısal videonistagmografi kayıtlarının değerlendirilmesi
    (Başkent Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2019) Hızal, Evren; Erbek, Hatice Seyra
    Benign paroksismal pozisyonel vertigo (BPPV) tanısında kullanılan tetikleyici manevraların hiçbirisi tek bir semisirküler kanalda cevaba neden olmaz. Başın açısal pozisyonundaki değişiklikler, tüm semisirküler kanalların yerçekimine göre konumlarını etkiler. Bu çalışmada, vertigonun tanısına yönelik olarak uygulanan pozisyonel testlerin videonistagmografi (VNG) kayıtlarını değerlendirmek ve Dix- Hallpike ile supin baş çevirme (head-roll) testlerinin her ikisinde tespit edilen nistagmus cevaplarının özelliklerini belirlemek amaçlanmıştır. Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı‟na 14.10.2016 ile 11.02.2019 tarihleri arasında vertigo yakınması ile başvurmuş 7523 hastaya ait VNG bilgisayar veritabanı kayıtları gözden geçirilmiştir. Dix-Hallpike testi ile birlikte head-roll testine ait sonuçları içeren 2880 kayıt olduğu (%68,1 kadın; ortalama yaş, 53) tespit edilmiş, bu kayıtlara ait VNG grafiklerinin çıktıları alınarak incelenmiştir. Hem Dix- Hallpike hem de head-roll testlerine ait grafik çıktılarında nistagmus varlığı saptanan 148 kayda ait video görüntüleri, iki farklı araştırmacı tarafından ayrıca değerlendirilmiştir. Göz hareketlerinin VNG traselerine tam doğrulukla yansımadığı; değerlendirilen VNG kayıtlarına ait video görüntüleri ile grafik çıktıları arasında özellikle nistagmusun yönü açısından belirgin farklılıklar olduğu saptanmıştır. Dix- Hallpike testi ile head-roll testlerinin ikisinde birden nistagmus yanıtı saptanan kayıtlar incelendiğinde; tanının bunların %8,8‟inde posterior kanal, %59,4‟ünde ise lateral kanal BPPV‟si (%47,7 geotropik [kanalolitiazis], %52,3 apogeotropik [kupulolitiazis] varyant) olduğu; %4,1‟inde birden fazla kanal tutulumu bulunduğu; %53,3‟ünde 1 rehabilitasyon manevrası uygulandığı; %7,4‟ünde rekürrens geliştiği anlaşılmıştır. Lateral kanal BPPV‟sinin gerek geotropik gerekse apogeotropik varyantlarında, head-roll testinin yanında Dix-Hallpike testinde de nistagmus izlenebilmektedir. Posterior kanal BPPV‟si olan hastalarda da head-roll testinde nistagmus saptanabilmektedir. BPPV‟de tanının doğru konulabilmesi ve uygun tedavinin uygulanabilmesi için tüm hastalarda hem Dix-Hallpike hem de head-roll testlerinin tamamlanması ve sonuçların birarada yorumlanması gerekir. None of the provocative maneuvers that are used for the diagnosis of benign paroxysmal positional vertigo (BPPV) induces response in a single semicircular canal alone. Angular changes in position of the head affect position of all semicircular canals relative to the gravity. The aims of this study were to evaluate the videonystagmography (VNG) records of positional tests that are performed for the diagnosis of vertigo and to define the characteristics of nystagmus responses that are detected in both Dix-Hallpike and supine head-roll tests. Records of 7523 patients that have applied to the Department of Otolaryngology at Baskent University Ankara Hospital with the complaint of vertigo between 10.14.2016 and 2.11.2019 were reviewed from the VNG computer database. 2880 recordings (68.1% female; mean age, 53) were found to include results of both Dix-Hallpike and head-roll tests. Graphical results of each of those VNG recordings were printed out and examined. Video images of 148 records that had been detected to have nystagmus on graphical printouts of both Dix-Hallpike and head-roll tests were further analyzed by two independent researchers. Ocular movements were found to be inaccurately represented on VNG tracings and there were significant differences between the video images and graphical printouts especially in terms of nystagmus direction. Analysis of the records that were detected to have nystagmus response in both Dix- Hallpike and head-roll tests revealed that, diagnosis was posterior canal BPPV in 8.8% and lateral canal BPPV in 59.4% (47.7% geotropic [canalolithiasis] and 52.3% apogeotropic [cupulolithiasis] variants). More than one canal was involved in 4.1%, 1 rehabilitation maneuver was performed in 53.3%, and recurrence was observed in 7.4% of those patients. In both geotropic and apogeotropic variants of lateral canal BPPV, nystagmus can be observed during Dix-Hallpike test in addition to head-roll test. In patients with posterior canal BPPV nystagmus can also be detected in headroll test. In order to reach to a correct diagnosis and apply appropriate treatment in BPPV, Dix-Hallpike test and head-roll test should be completely performed and results of those tests must be interpreted concomitantly.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Sosyal medyadaki hisse paylaşımlarının yatırımcının alım satım kararları üzerindeki etkisi twitter uygulaması
    (Başkent Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü, 2019) Tandoğan, Fatih; Babuşçu, Şenol
    Bireylerin yatırım yaparken hangi etmenler üzerinden etkilendiğini anlamak finans alanında yapılan çalışmaların her zaman en ilgi çekici olanı olmuştur. Çünkü bu sayede kalabalıkları toplu hareket ettirerek büyük sonuçlar elde edilme imkanı sağlanacaktır. Bu gücü kullanabilme imkanı gazeteler ile başlamış nihai noktada Twitter ile devam etmektedir. Sosyal medyada yapılan paylaşımların birey üzerinde nasıl bir etkisi olduğu, bunun üzerinden bireylerin neden eyleme geçtiği halihazırda araştırmacıların yoğun ilgisini çekmeye devam etmektedir. Yurtdışı kaynaklarda çoğunlukla araştırılmasına rağmen BIST100 endeksinde işlem gören hisse senetleri ile Twitter’daki paylaşım arasındaki ilişki düzeyinin tespit edildiği bir çalışma olmaması, tarafımızı literatürdeki bu açığı kapatmak amaçlı çalışmaya sevk etmiştir. Bu doğrultuda Twitter’da 2006-2018 yılları arasında BIST100 endeksine dahil olan hisse senetleri araması yapılarak bir veri seti oluşturulmuştur. Bunun neticesinde yapılan paylaşımlar ile hisse senedi fiyat ve hacmi arasındaki ilişki tespit edilmeye çalışılmıştır. Ayrıca bireylerin neden ve hangi gaye ile yapılan bu paylaşımlar bağlamında hareket ettiği Davranışsal Finans kavramları ile ilişkilendirilerek ele alınmıştır. Understanding the factors influencing individuals when investing has always been one of the most interesting in the field of finance. Because of this, it will be possible to achieve big results by moving the crowds in bulk. The possibility of using this power started with newspapers and continues with Twitter at the final point. The impact of the social media sharing on the individual and the reason why individuals take action on it continues to attract the attention of researchers. The fact that there is no study in which the level of the relationship between stocks traded in BIST100 index and sharing on Twitter. Despite the lack of researches in Turkish, lots of papers are covering the other countries stock markets. So we aim to cover the gap in Turkish literature. In this respect, a data set was created by searching Twitter for the stocks in BIST100 index between 2006-2018. As a result of this, the relationship between shares and price and volume of shares has been tried to be determined. In addition, why and with what purpose the individuals act in the context of these shares are discussed in relation to the concepts of Behavioral Finance.
  • Thumbnail Image
    Item
    Gen ifade tahmini için veri bütünleştirme
    (Başkent Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Bayrak, Tuncay; Oğul, Hasan
    Canlı formunun sürdürülebilirliğinin temelinde protein sentezi yer almaktadır. Protein sentezinde, insan genomundaki kodlayıcı genleri düzenleyen küçük nükleotid dizilerinin (mikro RNA) ve diğer yönetici genlerin (Transkripsiyon Faktör, TF) önemli görevleri vardır. Bu çalışmanın amacı, mikro RNA ve TF’lerin düzenleme bilgisinin protein kodlayıcı genlerin ifade tam değerlerinin kestirim performansına etkisini araştırmaktır. Gen ifade tam değerini tahmin etmek için regresyon tabanlı modelleri içeren sistematik yaklaşımlar ortaya konulmuştur. Öncelikle, gen ifade ölçümlerinde yaygın olarak karşılaşılan kayıp veri (missing data) problemini çözmek için doğrusal, k-NN ve İlişkisel Vektör Makinesi (RVM) regresyon modelleri uygulanmıştır. Regresyon modelinin eğitiminde genellikle aynı genin farklı deneylere ait ifade değerlerinden oluşan vektörler kullanılmaktadır. Daha sonra, bu ifade vektörlerine aynı deneye ait farklı gen ifade değerlerinin dâhil edilmesinin gen ifade tahminine etkisi araştırılmıştır. Bunun için İki Yönlü İşbirlikçi Filtreleme (Two-way collaborative filtering) yöntemi kullanılarak gen ifade değerlerinden oluşan tek yönlü veri matrisi iki yönlü veri matrisine dönüştürülmüş ve regresyon modeli bu yeni veri matrisi ile oluşturulmuştur. Gen ifade tahmini için ilk defa kullanılan bu yeni öznitelik sunum tekniği ile kestirim performansının artırıldığı görülmüştür. Ayrıca farklı kanser türlerine ait gen ifade verilerinin bütünleştirilmesinin gen ifade tahminine etkisi de araştırılmıştır. Burada, prostat kanserine ait gen ifade değerlerinin tahmin edilmesinde kolon kanseri verisinin model öğrenmede kullanılmasının kestirim performansını artırdığı görülmüştür. Literatürde gen ifade değerleri kullanılarak gen düzenleyici moleküller ile genler arasındaki ilişkinin tespit edilmesine yönelik çok sayıda çalışma bulunmaktadır. Ancak hücrede meydana gelen bu etkileşimler kullanılarak gen ifade tam değerinin tespitine yönelik çalışmalar oldukça kısıtlıdır. Son olarak, farklı veri yapısındaki miRNA-gen ve TF-gen regülasyon bilgileri ile gen ifade değerleri bütünleştirilmiş olup doğrusal ve RVM regresyon modelleri kullanılarak kestirim performansına etkisi araştırılmıştır. Veri bütünleştirme yaklaşımlarında Öklid, Affine Dönüşüm ve Bhattacharya uzaklık ölçütleri kullanılmıştır. Gen ifade matrisleri; Gene Expression Omnibus veritabanından, TF-gen regülasyon bilgisi TRANSFAC veritabanından ve miRNA-gen regülasyon bilgisi ise mirDB, mirTarbase ve mirConnX veri tabanlarından alınmıştır. Kestirim performansının değerlendirilmesinde Spearman benzerlik katsayısı, Pearson benzerlik katsayısı ve Hata Kareleri Ortalamasının Karekökü (RMSE) ölçütleri kullanılmıştır. miRNA-gen regülasyon bilgisinin bütünleştirilmesi ile gen ifade tahmini performansının artırıldığı görülmüştür. Protein synthesis is the basis of the sustainability of the living form. Small nucleotide sequences (micro-RNA) and other executive genes (Transcription Factor, TF) that regulate coding genes play an important role in the protein synthesis. The aim of this study was to investigate the effect of regulation information of micro-RNA and TFs on the performance of predicting the exact value of expressions of protein coding genes. In order to predict the exact value of gene expression, systematic approaches that includes regression-based models are introduced. First, linear, k-NN and Relational Vector Machine (RVM) regression models were applied to solve the common problem of missing data in gene expression measurements. The expression vectors used in the training phase of the regression model are generally composed of the expression values of the same gene that belongs to different experiments. After that, the effect of the inclusion of different gene expression values of the same experiment on these expression vectors was investigated. For this, the one-way data matrix, consisting of gene expression values, was transformed into a two-way data matrix using Two-way Collaborative Filtering method and the regression model was built with this new data matrix. It is observed that this new feature representation technique that is first used in this study for gene expression predicting increases the performance of predicting. In addition, the effect of integrating gene expression values of different cancer types on gene expression predicting is also investigated. Here, it is observed that the use of colon cancer data in model learning to predict the gene expression of prostate cancer increases prediction performance. There are many studies in the literature to determine the relationship between regulating molecules and genes using gene expression values. However, there are very limited studies based on predicting the exact value of gene expression by using these relations in the cell. Finally, miRNA-gene and TF-gene interaction information and gene expression values were integrated and the prediction performance outcomes obtained by using linear and RVM regression models were discussed. Euclidean, Affine Transformation and Bhattacharya distance measures were used in data integration approaches. Gene expression matrices from Gene Expression Omnibus; TF-gene regulation information from TRANSFAC; miRNA-gene regulation information from mirDB, mirTarbase and mirConnX were used. Spearman similarity coefficient, Pearson similarity coefficient and Root Mean Squared Error (RMSE) were used to evaluate the performance of predicting. It is observed that the performance of predicting gene expression is increased by integrating of miRNA-gene regulation information.
  • Thumbnail Image
    Item
    İnsan sağlığı takibi için giyilebilir sensör verilerinin çok kipli ve füzyon tabanlı analizi
    (Başkent Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Memiş, Gökhan; Sert, Mustafa
    Bu çalışmada, sağlık bilişimi alanında, yaşlı ve bakıma muhtaç kişilerin, sağlık durumlarının ve günlük aktivitelerinin takibi amacıyla, farklı sensörlerden toplanan verilerden anlamlı bilgilerin elde edilebilmesi için, çok kipli ve füzyon tabanlı analizlere dayalı akıllı yöntemler geliştirilmiştir. Giyilebilir sensör olarak nabız, EKG, oksijen doygunluğu kullanılmıştır. Bu sensörlerden toplanan veriler ile aritmi, uyku apnesi hastalıklarının takibi ve erken tanılamasının yanı sıra, cep telefonu içerisinde bulunan sensörlerden ivmeölçer, manyetik alan ölçer, jiroskop ve eğimölçer sensörleri ile izlenen kişinin fiziksel aktivitesi incelenmiştir. Tez çalışması kapsamında, 12 farklı kişiden açık hava ile kapalı havada bulunma durumuna göre fiziksel aktivite verisi toplanmıştır. Toplanan veriler ile kişinin fiziksel aktivitesini nerede yaptığı bulunmuştur. Bu aşamada standart sapma ve üstel hareketli ortalama tabanlı yeni öznitelikler oluşturulmuştur. Kullanılan yeni öznitelikler ile yapılan çalışmalarda sınıflandırma performansının arttığı görülmüştür. Daha sonra bulunan öznitelik oluşturma yöntemlerinin başarımını test etmek için ele alınan veri kümesi dışındaki, uyku apnesi ve fiziksel aktivite veri kümelerinde de sınıflandırma performansı test edilmiştir. Farklı veri kümeleri ile kullanılan yeni öznitelikler ile yapılan çalışmalarda sınıflandırma performansının arttığı görülmüştür. Geleneksel sınıflandırma yöntemleri ile beraber bu tez çalışması kapsamında geliştirdiğimiz CNN+LSTM mimarisi karşılaştırılmış; sınıflandırma analizlerinde CNN+LSTM mimarisi ile performans artışı sağlandığı tespit edilmiştir. In this study, in the field of health informatics, intelligent methods based on multi-mode and fusion-based analyzes have been developed in order to obtain meaningful information from the data collected from different sensors in order to monitor the health status and daily activities of the elderly and people in need of care. Pulse, EKG, oxygen saturation is used as wearable sensors. In addition to arrhythmia, sleep apnea diseases and early diagnosis of the data collected from these sensors, the physical activity of the person who was monitored by accelerometers, magnetometer, gyroscope and inclinometer sensors was investigated. In the scope of the thesis, physical activity data were collected from 12 different people according to the presence of indoor and outdoor. With the data collected, it was found where the person's physical activity was done. Standard deviations and exponential moving average based new features are created at this stage. It is observed that the performance of classification has increased in the studies conducted with the new features. Subsequent to our own dataset, the performance of the classification was also tested in sleep apnea and physical activity datasets to test the performance of the attribute building methods found later. It has been observed that the performance of classification has increased in studies with new attributes used with different datasets. The CNN + LSTM architecture we developed within the scope of this thesis was compared with the traditional classification methods. In the classification analysis, it has been found that performance increase is achieved with CNN + LSTM architecture.